八马彩票客户端:导致基因检测出现假阳性、假阳性的因素有哪些

发布时间:2018-06-22 10:58

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在基因检测中,往往会由于一些原因出现检测的假阳性或假阴性,这些检测错误会导致错误的临床指导,因此,有必要梳理一下导致这些假阳性假阴性出现的因素,从而尽量降低这些因素造成的影响。



样本特性导致检出不一致或错误


临床上一般以组织材料为标准进行基因检测,但是活检组织往往只是肿瘤的一部分,肿瘤的异质性以及肿瘤的突变克隆动态变化往往导致组织检测具有很大局限性【1-3】,造成“以偏概全”或者“刻舟求?!钡拇砦?。


另一种基因检测“假阳性”的情况是组织阳性的血检阴性,这种“不一致”现象要分别探讨??赡艿脑蛞环矫媸侵琢鲆熘市缘贾碌募斐霾灰恢隆?span style="font-family:Times New Roman;">4】,在不同检测样本之间(组织、血液),不同病灶(原发、转移)之间,甚至同一病灶的不同取样量和取样部位,一般都会造成一定比例的检出差异。另一种原因可能是克隆性造血的体细胞突变(非恶性细胞)引起血浆循环游离DNA基因检测假阳性5,6】。



由检测技术局限导致的错误


一种技术往往具有特定的使用范围,并且也往往具有技术检测限,那些在检测阈值之外或附近的突变或构成往往会高发检测错误。比如NGS技术灵敏度在1-3%,因此除非特殊分子实验和信息方法处理,那些突变丰度在1%附近的变异需要使用更为灵敏或者严格的方法进行验证,如果使用更低灵敏性的方法,如灵敏度在3%-10%ARMS-PCR,则可能出现错误的佐证。



系统性导致的错误


由于基因检测往往涉及到较多环节与技术,因此一般也容易出现系统性错误。从取样运输、样本提取保存、文库构建、上机测序、数据处理与分析、各环节质控等多个方面都可能会引入系统性误差,这要求各检测机构积极的进行标准化建设,加强质控管理,可以有效降低在检测过程中导致的错误。



参考文献

【1】 Corbin E. Meacham, Sean J. Morrison. Tumour heterogeneity and cancer cell plasticity.Nature, 2013

【2】 Rebecca A. Burrell, et al. The causes and consequences of genetic heterogeneity in cancer evolution. Nature, 2013

【3】 Philippe L. Bedard, et al. Tumour heterogeneity in the clinic. Nature, 2013

【4】 Rui Wan, et al. Comprehensive analysis of the discordance of EGFR mutation status between tumor tissues and matched circulating tumor DNA in advanced non-small-cell lung cancer. Journal of Thoracic Oncology, 2017

【5】 Geoffrey R. Oxnard, et al. Noninvasive Detection of Response and Resistance in EGFR-Mutant Lung Cancer Using Quantitative Next-Generation Genotyping of Cell-Free Plasma DNA. Clin Cancer Res, 2014

【6】 Catherine C. Coombs, et al. Therapy-Related Clonal Hematopoiesis in Patients with Non-hematologic Cancers Is Common and Associated with Adverse Clinical Outcomes. Cell stem cell, 2017






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